Banco de Dados PubMed

Use esta habilidade quando uma tarefa precisar de literatura biomédica do PubMed em vez de uma pesquisa geral na web.

Quando Usar

• Pesquisando MEDLINE ou literatura de ciências da vida.
• Construindo consultas PubMed com termos MeSH, tags de campo, datas ou tipos de artigo.
• Procurando PMIDs, resumos, metadados de publicação ou citações relacionadas.
• Executando passes de pesquisa de revisão sistemática que precisam de strings de pesquisa repetíveis.
• Usando NCBI E-utilities diretamente de Python, shell ou outro cliente HTTP.

Construção de Consultas

Comece com a pergunta de pesquisa, divida-a em conceitos e, em seguida, combine os conceitos com operadores booleanos.

concept_1 AND concept_2 AND filter
synonym_a OR synonym_b
NOT exclusion_term

Tags de campo úteis do PubMed:

• [ti]: título
• [ab]: resumo
• [tiab]: título ou resumo
• [au]: autor
• [ta]: abreviação do título do periódico
• [mh]: termo MeSH
• [majr]: tópico MeSH principal
• [pt]: tipo de publicação
• [dp]: data de publicação
• [la]: idioma

Exemplos:

diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2026[dp]
(metformin[nm] OR insulin[nm]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND randomized controlled trial[pt]
smith ja[au] AND cancer[tiab] AND 2026[dp] AND english[la]

MeSH e Subtítulos

Prefira MeSH quando o conceito tiver um termo de vocabulário controlado estável. Combine MeSH com termos de título/resumo quando o tópico for novo ou a terminologia variar.

A sintaxe correta de subtítulo coloca o subtítulo antes da tag de campo:

diabetes mellitus, type 2/drug therapy[mh]
cardiovascular diseases/prevention & control[mh]

Use [majr] apenas quando o tópico deve ser central para o artigo. Isso pode melhorar a precisão, mas pode perder trabalhos relevantes.

Filtros

Tipos de publicação:

• clinical trial[pt]
• meta-analysis[pt]
• randomized controlled trial[pt]
• review[pt]
• systematic review[pt]
• guideline[pt]

Filtros de data:

2026[dp]
2020:2026[dp]
2026/03/15[dp]

Filtros de disponibilidade:

free full text[sb]
hasabstract[text]

Fluxo de Trabalho E-utilities

NCBI E-utilities suporta fluxos de trabalho de API repetíveis:

1. esearch.fcgi: pesquisa e retorna PMIDs.
2. esummary.fcgi: retorna metadados de artigos leves.
3. efetch.fcgi: busca resumos ou registros completos em XML, MEDLINE ou texto.
4. elink.fcgi: encontra artigos relacionados e recursos vinculados.

Use um e-mail e chave de API para scripts de produção. Armazene chaves de API em variáveis de ambiente, nunca em arquivos commitados ou histórico de comandos.

import os
import time
import requests

BASE = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils"


def esearch(query: str, retmax: int = 20) -> list[str]:
    params = {
        "db": "pubmed",
        "term": query,
        "retmode": "json",
        "retmax": retmax,
        "tool": "ecc-pubmed-search",
        "email": os.environ.get("NCBI_EMAIL", ""),
    }
    api_key = os.environ.get("NCBI_API_KEY")
    if api_key:
        params["api_key"] = api_key

    response = requests.get(f"{BASE}/esearch.fcgi", params=params, timeout=30)
    response.raise_for_status()
    time.sleep(0.35)
    return response.json()["esearchresult"]["idlist"]


pmids = esearch("hypertension[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND 2024:2026[dp]")
print(pmids)

Para lotes, prefira parâmetros do servidor de histórico do NCBI (usehistory=y, WebEnv, query_key) em vez de passar listas de PMID muito longas através de URLs.

Disciplina de Saída

Para cada passe de pesquisa, registre:

• string de pesquisa exata
• banco de dados pesquisado
• data da pesquisa
• filtros usados
• contagem de resultados
• formato de exportação
• quaisquer exclusões manuais

Exemplo:

| Database | Date searched | Query | Filters | Results |
| --- | --- | --- | --- | ---: |
| PubMed | 2026-05-11 | `sickle cell disease[mh] AND CRISPR[tiab]` | 2020:2026[dp], English | 42 |

Lista de Verificação de Revisão

• As tags de campo são tags válidas do PubMed?
• Os termos MeSH são combinados com sinônimos de texto livre para tópicos mais recentes?
• O intervalo de datas é explícito e apropriado?
• O log de pesquisa inclui detalhes suficientes para reproduzir a consulta?
• As chaves de API são carregadas do ambiente?
• A chamada HTTP raise_for_status() ou outra forma de lidar com respostas não 200 é feita antes da análise?
• Os limites de taxa são respeitados?

Referências

• Ajuda do PubMed
• Documentação do NCBI E-utilities
• Orientação sobre chave de API do NCBI
• Suporte do NCBI: eutilities@ncbi.nlm.nih.gov