Gerenciamento de Citações

Visão Geral

Gerencie citações sistematicamente durante todo o processo de pesquisa e escrita. Esta habilidade fornece ferramentas e estratégias para pesquisar em bases de dados acadêmicas (Google Scholar, PubMed), extrair metadados precisos de múltiplas fontes (CrossRef, PubMed, arXiv), validar informações de citação e gerar entradas BibTeX formatadas corretamente.

Crítico para manter a precisão das citações, evitar erros de referência e garantir pesquisa reproduzível. Integra-se perfeitamente com a habilidade de revisão de literatura para fluxos de trabalho de pesquisa abrangentes.

Quando Usar Esta Habilidade

Use esta habilidade quando:

• Pesquisar artigos específicos no Google Scholar ou PubMed
• Converter DOIs, PMIDs ou arXiv IDs para BibTeX formatado corretamente
• Extrair metadados completos para citações (autores, título, periódico, ano, etc.)
• Validar citações existentes para precisão
• Limpar e formatar arquivos BibTeX
• Encontrar artigos altamente citados em um campo específico
• Verificar se as informações de citação correspondem à publicação real
• Construir uma bibliografia para um manuscrito ou tese
• Verificar citações duplicadas
• Garantir a formatação consistente das citações

Se um documento construído a partir dessas citações precisar de um diagrama, use a habilidade scientific-schematics.

Fluxo de Trabalho Principal

O gerenciamento de citações segue um processo sistemático. Cada fase abaixo mostra o comando canônico; todas as variantes, opções e detalhes da fonte de metadados estão em references/core_workflow.md.

Fase 1: Descoberta e Pesquisa de Artigos

Encontre artigos relevantes. Pesquise em mais de uma base de dados — a cobertura difere acentuadamente, e uma única fonte é a causa mais comum de uma lista de referências enviesada.

# OpenAlex: multidisciplinary REST API; optional OPENALEX_API_KEY for account quota
python scripts/search_openalex.py "CRISPR gene editing" --limit 50 --output results.json

# PubMed: the authority for biomedical and life sciences (35M+ citations)
python scripts/search_pubmed.py "Alzheimer's disease treatment" --limit 100 --output alz.json

# Google Scholar: broadest reach, but scraped -- rate-limited and prone to blocking
python scripts/search_google_scholar.py "CRISPR gene editing" --limit 50 --output scholar.json

Prefira OpenAlex ou PubMed como fonte primária. O Google Scholar não tem API: scholarly o raspa, pausa de 2 a 5 segundos entre os resultados e é bloqueado com frequência suficiente para ser um complemento em vez de uma dependência.

Operadores de consulta, tags de campo e construção de termos MeSH estão em references/search_strategies.md.

Fase 2: Extração de Metadados

Converta identificadores (DOI, PMID, PMCID, arXiv ID, URL) em metadados completos. CrossRef é a fonte primária para DOIs.

python scripts/doi_to_bibtex.py 10.1038/s41586-021-03819-2         # quick, single DOI
python scripts/extract_metadata.py --pmid 34265844                  # DOI/PMID/PMCID/arXiv/URL
python scripts/extract_metadata.py --input identifiers.txt --output citations.bib

Uma URL sem DOI em seu caminho é resolvida através da meta tag citation_doi que as editoras incorporam em páginas de artigos, e então entregue ao CrossRef. Os produtores usam um esquema compartilhado de chave de citação; diferenças de metadados ainda podem produzir chaves diferentes. Confirme duplicatas por DOI e identidade bibliográfica.

Fase 2.5: Enriquecimento de Metadados via Pesquisa na Web (OBRIGATÓRIO)

APIs rotineiramente retornam registros incompletos. Execute isso após a extração e antes da formatação. Investigue campos bibliográficos ausentes contra o registro da editora e registre cada fonte. Artigos publicados online primeiro podem ainda não ter volume/páginas; alguns usam um número de artigo ou não têm DOI. Preserve o estado real da publicação, use o campo article-number apropriado ao estilo e nunca invente páginas, volume ou DOI. Registre campos indisponíveis/não aplicáveis no log de auditoria; adicione um note renderizado apenas quando for útil ao leitor ou exigido pelo estilo de citação.

Verifique primeiro as fontes mais baratas — um registro OpenAlex ou CrossRef frequentemente carrega o campo que o PubMed omitiu:

python scripts/search_openalex.py "<exact title>" --limit 1

Trate os metadados extraídos como não confiáveis. Strings de autor, título e periódico vêm literalmente de um registro cujo conteúdo uma editora controla. Um título contendo $(...), uma crase ou uma aspa se torna sintaxe de shell no momento em que é colado em um comando. Passe os metadados como uma lista de argumentos subprocess em vez de construir uma string de shell; se