NCATS ARAX

Use o ARAX como um serviço de consulta de grafo de conhecimento restrito. Envie CURIEs revisadas e tipos explícitos do Biolink, preserve a troca exata do TRAPI, inspecione os vínculos de consulta e proveniência, e trate cada caminho retornado como um candidato para verificação subsequente.

Leia query-contract.md antes de construir uma consulta. Leia output-schema.md ao interpretar artefatos salvos, avisos, proveniência ou resultados parciais.

Limite de segurança

• Use apenas perguntas de pesquisa públicas e não sensíveis. As instalações de status do ARAX podem expor metadados de consulta e chamador, mesmo quando store=false é solicitado.
• Não envie informações de pacientes, perguntas de pesquisa confidenciais, programas de compostos não publicados ou hipóteses de alvos proprietários.
• Não apresente um caminho retornado como um mecanismo validado ou recomendação clínica.
• Relate um zero como "não retornado sob estas restrições", nunca como evidência de que nenhum relacionamento existe.
• Descreva a posição como ordem de resposta sem pontuação, nunca como classificação.
• Verifique candidatos importantes com literatura e bancos de dados autoritativos separadamente.

Fluxo de trabalho

1. Normalize o texto livre separadamente, depois revise e relate a CURIE e a categoria propostas.
2. Escolha uma consulta de um salto com tipo ou uma consulta de exatamente dois saltos com ambos os pontos finais fixados.
3. Use a consulta padrão do RTX-KG2, a menos que o usuário nomeie explicitamente de dois a cinco provedores.
4. Reconheça que a consulta biomédica é pública e escolha um diretório de saída novo ou vazio.
5. Execute o cliente uma vez. Não altere silenciosamente a seleção do provedor ou a ordem de expansão após uma falha ou resultado vazio.
6. Inspecione summary.json para vínculos limitados e proveniência e response.json para a carga útil exata do TRAPI.
7. Verifique caminhos cientificamente importantes fora do ARAX.

Preflight

Verifique o OpenAPI de produção sem fazer uma consulta biomédica:

python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py preflight

O cliente verifica se o serviço se identifica como ARAX, expõe POST /query e GET /entity, e relata uma versão TRAPI suportada. Ele lê info.x-trapi.version, recorrendo ao título para documentos OpenAPI mais antigos. Um endpoint não produtivo ou série TRAPI não testada requer um override explícito; nenhum override altera as formas ou operações de consulta fixas.

Normalizar uma entidade

A normalização é apenas para revisão e nunca aciona uma consulta de grafo:

python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py normalize "ivacaftor" \
  --expected-category biolink:SmallMolecule \
  --max-synonyms 10 \
  --acknowledge-public-query \
  --output-dir outputs/normalize-ivacaftor

Revise o identificador canônico, nome, categoria e prévia de sinônimos antes de usar uma CURIE. Relate todas as CURIEs e categorias, independentemente do resultado da consulta. Um aviso de categoria ou resultado zero é um motivo para curar o identificador, não para encadear automaticamente para /query.

Consulta de um salto

Fixe pelo menos um ponto final e digite ambos os nós:

python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py one-hop \
  --subject-id CHEBI:31690 \
  --subject-category biolink:SmallMolecule \
  --predicate biolink:affects \
  --object-id NCBIGene:25 \
  --object-category biolink:Gene \
  --qualifier biolink:object_aspect_qualifier=activity_or_abundance \
  --qualifier biolink:object_direction_qualifier=decreased \
  --acknowledge-public-query \
  --output-dir outputs/imatinib-abl1

O modo de consulta é o padrão e fixa a expansão para infores:rtx-kg2. Ele tem um padrão de 20 resultados. Use --result-limit N para solicitar de 1 a 50 resultados; 50 é o limite máximo em qualquer modo.

Consulta de dois saltos com ponto final fixado

Use exatamente um nó intermediário com tipo e sem fixação:

python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py two-hop \
  --subject-id CHEBI:66901 \
  --subject-category biolink:SmallMolecule \
  --predicate-1 biolink:affects \
  --intermediate-category biolink:Gene \
  --predicate-2 biolink:associated_with \
  --object-id MONDO:0009061 \
  --object-category biolink:Disease \
  --qualifier-1 biolink:object_aspect_qualifier=activity_or_abundance \
  --qualifier-1 biolink:object_direction_qualifier=increased \
  --expand-order right-first \
  --acknowledge-public-query \
  --output-dir outputs/ivacaftor-cystic-fibrosis

A expansão da direita para a esquerda é o padrão. Se um resultado vazio justificar outra tentativa, execute uma nova consulta explicitamente com --expand-order left-first e mantenha as execuções separadas.

Federação de provedores selecionados

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