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Coleta de dados (scraping)48 mil · #3921

pubmed-database

Ajuda seu agente a acessar diretamente o banco de dados PubMed. Permite fazer buscas avançadas e processar informações de artigos científicos. É útil para pesquisar dados biomédicos.

O que ela faz

Esta ferramenta permite que você pesquise artigos científicos na base de dados PubMed, que contém informações sobre saúde e ciências da vida. Você pode fazer buscas avançadas usando termos específicos, tipos de artigos e datas.

Quando usar

  • ✓Procurar artigos sobre um tema específico de saúde.
  • ✓Realizar uma pesquisa acadêmica ou revisão de literatura.
  • ✓Obter informações detalhadas sobre pesquisas científicas.

Exemplo do que pedir para a IA

“Encontre artigos sobre tratamentos para diabetes publicados nos últimos 2 anos.”

Quer saber mais? Abra as seções abaixo.

Como usar

O jeito mais fácil: copie a mensagem abaixo e cole no Claude, ChatGPT, Cursor ou outra IA. Ela lê a skill e segue as instruções.

Link da skill

https://github.com/sickn33/agentic-awesome-skills/blob/main/plugins/agentic-awesome-skills-claude/skills/pubmed-database/SKILL.md

Mensagem pronta para colar

Use esta skill para me ajudar: https://github.com/sickn33/agentic-awesome-skills/blob/main/plugins/agentic-awesome-skills-claude/skills/pubmed-database/SKILL.md Leia o arquivo SKILL.md desse link e siga as instruções dele na minha tarefa.
Como funciona

Você pode digitar termos de pesquisa, como nomes de doenças ou tratamentos, e a ferramenta buscará na base de dados PubMed. Ela permite refinar sua busca com filtros como tipo de artigo ou data de publicação.

Instalação

Jeito mais fácil: copie o link da skill e cole no Claude, ChatGPT ou Cursor pedindo para seguir as instruções.

No terminal (Claude Code, Codex, Cursor), na pasta do projeto:

npx skills add sickn33/agentic-awesome-skills --skill pubmed-database

Ou baixe só o arquivo:

curl -L https://raw.githubusercontent.com/sickn33/agentic-awesome-skills/main/plugins/agentic-awesome-skills-claude/skills/pubmed-database/SKILL.md -o SKILL.md
Conteúdo técnico (SKILL.md)

Tradução do texto original do autor no GitHub. Os comandos e códigos estão como no original.

Disponibilidade de Material de Apoio

Este texto do catálogo contém as orientações inline abaixo, mas não inclui os seguintes caminhos de suporte. Eles são pré-requisitos externos, não arquivos incluídos:

  • <support-root>/references/api_reference.md
  • <support-root>/references/search_syntax.md
  • <support-root>/references/common_queries.md

Solicite o material de apoio original ou uma instalação existente antes de usar uma etapa que dependa desses caminhos; este catálogo não identifica uma fonte de download verificada para eles. Resolva cada caminho em relação a essa instalação, inspecione seu conteúdo e verifique quaisquer licenças e pré-requisitos de execução aplicáveis. Não execute um comando ou afirme que um procedimento referenciado foi seguido até que seu arquivo necessário exista. Não fabrique os scripts ausentes nem trate um arquivo não relacionado com o mesmo nome como equivalente. Etapas independentes totalmente documentadas aqui podem prosseguir dentro do escopo autorizado do usuário; relate qualquer etapa dependente como indisponível.

Banco de Dados PubMed

Visão Geral

O PubMed é o banco de dados abrangente da U.S. National Library of Medicine, oferecendo acesso gratuito ao MEDLINE e à literatura de ciências da vida. Construa consultas avançadas com operadores booleanos, termos MeSH e tags de campo, acesse dados programaticamente via API E-utilities para revisões sistemáticas e análise de literatura.

Quando Usar Esta Habilidade

Esta habilidade deve ser usada quando:

  • Procurando artigos de pesquisa biomédica ou de ciências da vida
  • Construindo consultas de pesquisa complexas com operadores booleanos, tags de campo ou termos MeSH
  • Realizando revisões sistemáticas de literatura ou meta-análises
  • Acessando dados do PubMed programaticamente via API E-utilities
  • Encontrando artigos por critérios específicos (autor, periódico, data de publicação, tipo de artigo)
  • Recuperando informações de citação, resumos ou artigos de texto completo
  • Trabalhando com PMIDs (PubMed IDs) ou DOIs
  • Criando fluxos de trabalho automatizados para monitoramento de literatura ou extração de dados

Capacidades Principais

1. Construção de Consultas de Pesquisa Avançada

Construa consultas sofisticadas do PubMed usando operadores booleanos, tags de campo e sintaxe especializada.

Estratégias Básicas de Pesquisa:

  • Combine conceitos com operadores booleanos (AND, OR, NOT)
  • Use tags de campo para limitar pesquisas a partes específicas do registro
  • Empregue pesquisa de frases com aspas duplas para correspondências exatas
  • Aplique curingas para variações de termos
  • Use pesquisa de proximidade para termos dentro de distâncias especificadas

Exemplos de Consultas:

# Recent systematic reviews on diabetes treatment
diabetes mellitus[mh] AND treatment[tiab] AND systematic review[pt] AND 2023:2024[dp]

# Clinical trials comparing two drugs
(metformin[nm] OR insulin[nm]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND randomized controlled trial[pt]

# Author-specific research
smith ja[au] AND cancer[tiab] AND 2023[dp] AND english[la]

Quando consultar search_syntax.md:

  • Necessidade de lista abrangente de tags de campo disponíveis
  • Requer explicação detalhada dos operadores de pesquisa
  • Construindo pesquisas de proximidade complexas
  • Compreendendo o comportamento do mapeamento automático de termos
  • Necessidade de sintaxe específica para intervalos de datas, curingas ou caracteres especiais

Padrão Grep para tags de campo: \[au\]|\[ti\]|\[ab\]|\[mh\]|\[pt\]|\[dp\]

2. Termos MeSH e Vocabulário Controlado

Use Medical Subject Headings (MeSH) para uma pesquisa precisa e consistente na literatura biomédica.

Pesquisa MeSH:

  • A tag [mh] pesquisa termos MeSH com inclusão automática de termos mais específicos
  • A tag [majr] limita a artigos onde o tópico é o foco principal
  • Combine termos MeSH com subheadings para especificidade (por exemplo, diabetes mellitus/therapy[mh])

Subheadings MeSH Comuns:

  • /diagnosis - Métodos diagnósticos
  • /drug therapy - Tratamento farmacêutico
  • /epidemiology - Padrões e prevalência de doenças
  • /etiology - Causas de doenças
  • /prevention & control - Medidas preventivas
  • /therapy - Abordagens de tratamento

Exemplo:

# Diabetes therapy with specific focus
diabetes mellitus, type 2[mh]/drug therapy AND cardiovascular diseases[mh]/prevention & control

3. Filtragem por Tipo de Artigo e Publicação

Filtre resultados por tipo de publicação, data, disponibilidade de texto e outros atributos.

Tipos de Publicação (use a tag de campo [pt]):

  • Clinical Trial
  • Meta-Analysis
  • Randomized Controlled Trial
  • Review
  • Systematic Review
  • Case Reports
  • Guideline

Filtragem de Data:

  • Ano único: 2024[dp]
  • Intervalo de datas: 2020:2024[dp]
  • Data específica: 2024/03/15[dp]

Disponibilidade de Texto:

…

Perguntas frequentes

O que é PubMed?

PubMed é uma base de dados gratuita com milhões de artigos científicos sobre saúde e ciências da vida, mantida pelo governo dos EUA.

O que são termos MeSH?

MeSH são termos padronizados usados para organizar e descrever artigos científicos, tornando as buscas mais precisas.

Posso baixar os artigos?

Você pode encontrar links para artigos com texto completo gratuito ou obter resumos (abstracts). O acesso ao texto completo depende do artigo e da publicação.

Detalhes

Descrição original do autor

Direct REST API access to PubMed. Advanced Boolean/MeSH queries, E-utilities API, batch processing, citation management. For Python workflows, prefer biopython (Bio.Entrez). Use this for direct HTTP/REST work or custom API implementations.

repo: sickn33/agentic-awesome-skills

Popularidade

Estrelas no GitHub
48 mil
Posição no ranking
#3921
Licença
MIT
Atualizada em
15/10/2026

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