Tamarind Bio

O Tamarind executa ferramentas de design molecular e biologia estrutural em computação gerenciada: previsão de estrutura, design de proteínas e anticorpos, docking, previsão de afinidade de ligação, geração de MSA e dinâmica molecular. Use-o quando o usuário solicitar Tamarind, sua API REST/servidor MCP, ou execução na nuvem dessas ferramentas científicas. Para processamento local de sequências ou descritores moleculares, use uma biblioteca local.

Fontes e escopo da revisão

Os contratos REST e o catálogo público foram revisados em 2026-09-30. Os exemplos são ilustrativos até serem validados na conta do usuário; esta revisão não executou jobs autenticados nem estabeleceu precisão científica para nenhum modelo.

• Índice da API e guia completo.
• OpenAPI atual inclui descoberta, validação, jobs, arquivos e superfícies mais novas de pipeline/ferramentas personalizadas. openapi.yaml também está disponível. Verifique se os caminhos necessários existem: a especificação mesclada pode retornar HTTP 200 com apenas sua superfície clássica quando a especificação de backend não puder ser buscada.
• Catálogo público não requer chave; consulte ?type= ou ?tag=. Ele documenta ferramentas públicas e configurações obrigatórias condicionais, não todos os parâmetros opcionais ou permissões de conta.
• Índice da documentação do produto vincula a páginas Markdown, incluindo o guia MCP.

Busque os esquemas atuais da conta antes de compor uma execução. Onde o guia de prosa e o OpenAPI diferirem, prefira a operação/esquema para as formas dos campos e registre qualquer diferença não resolvida em vez de adivinhar.

Acesso

1. Use a implantação Tamarind do usuário. A base compartilhada é https://app.tamarind.bio/api; uma implantação de organização dedicada tem seu próprio host e dados de conta. Cada caminho REST relativo abaixo está sob /api.
2. Obtenha uma chave nas configurações de API da implantação e leia-a em TAMARIND_API_KEY; envie-a como x-api-key. Mantenha as chaves fora de arquivos e logs.
3. Verifique a cota atual da conta e o orçamento de computação antes de escalar. O uso gratuito é uma cota mensal, não uma promessa incondicional de dez jobs para sempre; faturamento e permissões podem mudar.

# Public discovery requires no credential.
curl --fail-with-body 'https://app.tamarind.bio/tools.json?type=alphafold'
# Account-scoped discovery:
curl --fail-with-body 'https://app.tamarind.bio/api/tools' \
  -H "x-api-key: $TAMARIND_API_KEY"

Para exemplos REST, instale requests no ambiente de execução. A distribuição oficial da CLI é tamarind-cli, e seu cliente Python de Ferramentas Personalizadas importa como from tamarind import Tamarind; o pacote não relacionado chamado tamarind não é este cliente. Veja a referência do SDK. As receitas de jobs principais abaixo usam HTTP diretamente.

Fluxo de trabalho

1. Descobrir. Leia GET /tools e associe a tarefa científica do usuário à descrição da ferramenta. Ferramentas internas retornam um array; ?custom=true lista apenas ferramentas personalizadas legadas. Implantações personalizadas atuais podem estar ausentes desta lista: use o nome implantado conhecido e seu esquema antes de concluir que ele está indisponível.
2. Ler o esquema. GET /tools/{name}/schema retorna um JSON Schema para o objeto settings. GET /tools também fornece uma lista de parâmetros settings reduzida. Verifique campos dependentes da tarefa, extensões de arquivo, valores de lista e padrões.
3. Validar. Envie POST /validate-job com type, settings e jobName opcional. Verifique o status HTTP primeiro, depois o JSON valid. Em caso de sucesso, inspecione e use normalized como as configurações a serem submetidas. Resolva unrecognized_settings se retornado, mesmo ao lado de valid: true: um erro de digitação em um campo opcional pode, de outra forma, deixar o padrão em vigor silenciosamente. A validação verifica campos, não todas as políticas de envio, limites de fila ou prontidão da implantação.
4. Submeter uma vez. POST /submit-job aceita jobName, type, settings, version opcional para uma compilação de ferramenta personalizada e projectTag opcional/obrigatório pela organização. Persista o nome e as configurações submetidos. Uma resposta bem-sucedida é texto simples, não um recibo JSON. Use o nome armazenado retornado.
5. Verificar. GET /jobs?jobName=... retorna uma linha diretamente. Estados terminais de job único são Complete, Stopped e Failed; lide com Deleted legado ou um

…