DepMap — Mapa de Dependência do Câncer

Quando usar

Use esta funcionalidade para classificar dependências em modelos de câncer, comparar coortes de biomarcadores pré-especificadas, inspecionar co-essencialidade ou relacionar dependências genéticas com a resposta a compostos PRISM. Essas análises geram hipóteses de alvos e letalidade sintética; elas não estabelecem eficácia clínica, uma janela terapêutica ou uma interação causal.

O DepMap integra telas CRISPR da Broad e Sanger e hospeda conjuntos de dados independentes de RNAi e de triagem de drogas. Combine cada pergunta com seu ensaio e versão fixada. RNAi DEMETER2 é uma modalidade de perturbação diferente, não um método de pontuação CRISPR mais antigo.

1. Descubra uma versão e obtenha seus arquivos

Use Downloads DepMap e o README e as notas da versão da versão selecionada. Após a revisão, a versão mais recente do catálogo ativo DepMap Public foi 26Q1, datada de 01/04/2026. Redescubra antes de um novo trabalho; um nome de versão ou trimestre esperado não é evidência de que uma versão esteja disponível.

Ponto de extremidade público verificado

GET https://depmap.org/portal/api/no-captcha/download/files retorna um catálogo CSV completo, sem corpo de solicitação, chave de API ou parâmetros de paginação. As colunas de metadados necessárias são release, release_date, filename e md5_hash. A resposta ativa também tem url: arquivos mais antigos podem ter links, enquanto linhas de versões recentes têm links em branco. Todas as 85 entradas para 26Q1 tinham valores url em branco na revisão. Trate a disponibilidade por linha, não por ponto de extremidade.

O anúncio da equipe introduziu esta rota de metadados em julho de 2026. O catálogo https://depmap.org/portal/api/download/files mais antigo pode fornecer links de download, mas retornou uma página de verificação HTML durante a revisão, inclusive com HTTP 200. Valide o conteúdo antes de analisar. Obtenha os arquivos atuais através do portal quando a verificação for necessária. Atualize os links assinados que expiram imediatamente antes do uso; não fabrique URLs de armazenamento nem assuma que cada nova versão está no Figshare.

Nenhum contrato suportado foi verificado para os exemplos antigos /api/gene?gene_id=... ou /api/data/gene_dependency. Use matrizes de versão locais para fatias de genes. Não assuma que um pacote Python chamado depmap é um cliente oficial do portal.

A partir da raiz da funcionalidade, use os auxiliares incluídos:

from scripts.depmap_data import fetch_catalogue, select_file, verify_md5

catalogue = fetch_catalogue()
public = catalogue[catalogue["release"].str.startswith("DepMap Public ")]
print(public[["release", "release_date"]].drop_duplicates()
      .sort_values("release_date", ascending=False).head(12))

# Explicit example pin; inspect discovery output before selecting your release.
release = "DepMap Public 26Q1"
record = select_file(catalogue, release, "CRISPRGeneEffect.csv")
print(record[["release", "filename", "md5_hash"]])
# After obtaining this file from the portal:
# verify_md5("CRISPRGeneEffect.csv", record["md5_hash"])

Salve os metadados selecionados, a data de recuperação, a citação da versão, o checksum local e o README ao lado dos resultados da análise. Registre os termos do conjunto de dados de origem separadamente da licença desta funcionalidade; os termos de versões mais recentes diferem das versões mais antigas do Figshare. Para um checksum publicado ausente, retenha um SHA-256 local e declare explicitamente que ele não foi comparado com um checksum do editor.

2. Inspecione os contratos de arquivo antes de juntar

Os seguintes nomes foram verificados no catálogo 26Q1. Verifique o README dessa versão para unidades e nível de identificador antes de tratar um arquivo como uma matriz numérica.

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