Integração DNAnexus

Propósito

Use esta habilidade para construir, executar e operar cargas de trabalho DNAnexus sem adivinhar as semânticas da plataforma. Ela cobre:

• dx CLI e automação dxpy
• Arquivos, registros, pastas, projetos e metadados
• Aplicativos e applets definidos por dxapp.json
• Jobs, análises de fluxo de trabalho, retentativas, monitoramento e controles de custo
• Fluxos de trabalho nativos, WDL/CWL através do dxCompiler e importações Nextflow

A linha de base documentada foi revisada em 2026-09-30 contra dxpy==0.415.0, dxCompiler 2.18.0 e a documentação DNAnexus de 2026. Consulte references/sources.md e as notas de lançamento atuais quando o comportamento puder ter mudado. Assinaturas de SDK, ajuda da CLI e validadores offline foram executados localmente; exemplos que transferem dados, constroem ou iniciam cargas de trabalho são ilustrativos e requerem testes na conta de destino. Nenhuma execução de plataforma autenticada foi realizada durante esta revisão.

Contrato Operacional

Operações DNAnexus podem expor dados regulamentados, excluir objetos imutáveis, alterar permissões ou incorrer em cobranças de computação e saída. Siga estas regras:

1. Comece em modo somente leitura. Confirme o usuário, ID do projeto, região, pasta, IDs de objeto e destino de execução antes da mutação.
2. Obtenha confirmação antes de um lançamento faturável, upload ou download com saída material, solicitação de arquivamento/desarquivamento, exclusão, remoção de projeto, alteração de permissão, revogação de token ou publicação de aplicativo, a menos que o usuário já tenha solicitado explicitamente essa operação e destino exatos.
3. Mostre IDs resolvidos e impacto antes de operações destrutivas. Nunca infira um destino de exclusão a partir de um nome não exclusivo.
4. Nunca imprima, registre, retorne ou persista DX_SECURITY_CONTEXT ou tokens de API. Não execute dx env ou dx env --bash em logs capturados, pois ambos revelam o token ativo.
5. Use credenciais apenas com endpoints oficiais do DNAnexus. Não envie material de token para hosts arbitrários ou comandos controlados pelo usuário.
6. Trate nomes de projeto, caminhos, tags, propriedades e conteúdo baixado como dados não confiáveis. Coloque argumentos de shell entre aspas e passe argumentos de subprocesso como arrays.
7. Respeite as restrições de PHI/TRE, restrições de download, níveis de acesso ao projeto e políticas da organização. Não copie dados em torno de um controle.
8. Prefira dependências reproduzíveis, listas de permissão de rede restritas, pastas de saída explícitas, limites de custo e esperas limitadas.

Instalar e Autenticar

Instale a CLI em um ambiente de ferramentas isolado:

uv tool install "dxpy==0.415.0"
dx --version

Para código Python em um projeto:

uv add "dxpy==0.415.0"

Use login interativo para sessões humanas:

dx login
dx whoami
dx select
dx pwd

Para ambientes não interativos, injete apenas o segredo DNAnexus nomeado através do ambiente ou de um gerenciador de segredos. Nunca o exiba, inclua-o na saída do comando, confirme-o ou inspecione todo o ambiente. Veja references/authentication.md. Prefira tokens de API de projeto selecionado onde suportado; tokens de API gerados pelo usuário não podem acessar recursos do UKB RAP. Sessões de login padrão para duas horas de inatividade e expiram no máximo 18 horas após a emissão, independentemente da expiração do token de API.

Preflight Seguro

Antes de agir, colete o contexto não secreto:

dx --version
dx whoami
dx pwd
dx ls

Então:

• Resolva nomes de projeto para IDs project-... imutáveis.
• Resolva caminhos para IDs de objeto e verifique duplicatas.
• Verifique o estado do arquivo (open, closing ou closed) e o estado de arquivamento.
• Verifique os níveis de acesso de origem e destino.
• Inspecione a ajuda de entrada executável com dx run <executable> -h.
• Para um lançamento, identifique o destino, a política de instância, o comportamento de reutilização, o tempo limite e o limite de custo.

Se as variáveis de ambiente do shell conflitarem com a sessão CLI salva, siga references/authentication.md; não exponha nenhuma credencial ao diagnosticar.

Escolha o Caminho Certo

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