Gtars

Gtars oferece implementações nativas em Rust, bindings em Python e um binário gtars com controle de recursos para trabalho com intervalos genômicos e sequências de referência. Comece com os inspetores locais incluídos; chame o código upstream apenas após os contratos de dados, proveniência, limites de recursos e efeitos colaterais serem explícitos.

Snapshot verificado (2026-10-01)

• Roda Python publicada: gtars==0.10.0, lançada em 2026-09-05, Requires-Python >=3.10; exemplos locais foram exercitados em Python 3.12 com intervalos, fragmentos e FASTA sintéticos.
• Meta-crate e CLI em Rust: gtars=0.10.0 e gtars-cli=0.10.0, lançados em 2026-09-05. O binário é gtars; o conjunto de recursos padrão do wrapper está vazio. Exemplos de Rust/CLI são modelos revisados por código-fonte, não execuções compiladas.
• gtars-refget=0.11.0 direto foi lançado em 2026-09-22. Seu list_sequences() em Rust agora retorna um Result. O wrapper solicita refget 0.10.x; mantenha Cargo.lock porque as dependências de componentes usam intervalos compatíveis, não pins exatos.
• Uma gtars-python-v0.11.0 tag Git existe, mas o PyPI ainda publica 0.10.0. Não assuma que tags Git, pacotes Python, componentes ou versões CLI coincidem.
• Guias publicados contêm exemplos mais antigos. Esta revisão usou a distribuição fonte/runtime PyPI 0.10.0, o código fonte do crate CLI publicado e os lançamentos atuais.

O campo license: MIT cobre esta habilidade. Os crates gtars publicados declaram MIT, enquanto o repositório GitHub exibe atualmente BSD-2-Clause na raiz; verifique a licença do artefato exato antes da redistribuição.

Gate de confiança de código nativo e pins exatos

O wheel Python contém uma extensão nativa PyO3. A instalação do Cargo compila um binário nativo e pode executar scripts de build de dependências. Trate qualquer caminho como execução de código:

1. Confirme o proprietário oficial do PyPI/crates.io/GitHub e a versão imutável.
2. Revise nomes de arquivos, tags de plataforma, proveniência de lançamento, licença e SHA-256. Verifique checksums do lançamento exato; não reutilize arquivos binários mais antigos.
3. Nunca execute um binário pré-compilado não confiável, wheel, árvore de código fonte, script de build Cargo, ou instalador de arquivo. Use isolamento e limites de CPU/RAM/disco/tempo.
4. Mantenha um lockfile e hashes de artefatos com o manifesto de análise.

Após essa revisão, crie um ambiente Python isolado:

uv venv --python 3.11 .venv-gtars
uv pip install --dry-run --python .venv-gtars/bin/python "gtars==0.10.0"
uv pip install --python .venv-gtars/bin/python "gtars==0.10.0"
.venv-gtars/bin/python -c \
  "import gtars; assert gtars.__version__ == '0.10.0'; print(gtars.__version__)"

Para o lançamento CLI revisado por código-fonte (modelo de instalação, não executado nesta auditoria):

cargo install gtars-cli --version 0.10.0 --locked
gtars --version
gtars --help

Para um projeto Rust, este modelo revisado por código-fonte fixa o wrapper e habilita apenas os recursos necessários; retenha Cargo.lock para versões transitivas:

[dependencies]
gtars = { version = "=0.10.0", default-features = false, features = [
  "core", "overlaprs", "uniwig", "tokenizers", "refget"
] }

Use gtars-refget = "=0.11.0" diretamente apenas quando a API do componente direto mais recente for necessária e a compatibilidade tiver sido testada. Não substitua esses pins por uma branch Git ou um lançamento não revisado.

Contrato de dados genômicos

Aplique este contrato antes de cada operação:

1. Coordenadas: Intervalos BED são baseados em 0 e semiabertos: [start, end). Exija 0 <= start < end <= contig_length. As coordenadas Gtars são u32, portanto, rejeite valores acima de 4,294,967,295.
2. Montagem: registre um acesso/versão da montagem e o SHA-256 exato dos metadados de chromosome-sizes ou refget sequence-collection. Nunca infira a montagem de nomes de arquivos ou prefixos chr.
3. Contigs: compare nomes exatamente. 1 e chr1, loci alternativos, decoys e aliases mitocondriais não são intercambiáveis. Renomeie ou faça liftover apenas como uma transformação revisada separadamente.
4. Ordenação: preserve o arquivo original, então ordene uma cópia pela ordem de chromosome-sizes e início/fim numérico quando a operação exigir. O RegionSet(path) Python atualmente ordena lexicograficamente por contig e início durante o carregamento; não confie na ordem original das linhas depois. A construção não

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