Vigilância de Variantes de Patógenos

Quando usar

Use dados atuais quando uma pergunta depender de quais linhagens aparecem em sequências enviadas, o que um nome de linhagem significa atualmente ou como a distribuição de sequências enviadas mudou. Nunca responda a uma pergunta sobre circulação atual com nomes de linhagens lembrados ou exemplos antigos.

Esta funcionalidade suporta pesquisa descritiva de vigilância. Contagens descrevem sequências enviadas para um banco de dados sob filtros especificados; elas não são contagens de casos, prevalência de infecção, interpretações clínicas, recomendações de surtos ou evidências de função aprimorada do patógeno.

Escopo verificado

Revisado em 01/10/2026 contra documentação oficial, esquemas ativos para todas as 15 instâncias registradas, e pequenas consultas públicas. SARS-CoV-2 usou LAPIS 0.8.7/SILO 0.14.3; as outras implantações registradas usaram LAPIS 0.8.0/SILO 0.11.0. Não assuma suporte idêntico de recursos. Scripts de biblioteca padrão incluídos têm testes de regressão sintéticos e verificações de fumaça ativas limitadas. Nextclade, GenoFLU, APIs autenticadas e validação de ensaio em nível de sequência não são executados aqui.

Os scripts leem /sample/databaseConfig. Um valor de índice de linhagem é atualmente um identificador string, não necessariamente um booleano. Apenas campos indexados suportam consultas de NAME* descendentes. Use --lineage-field deliberadamente quando vários sistemas de nomenclatura coexistirem. Valores não indexados desconhecidos podem retornar zero; isso não verifica o nome nem prova ausência biológica.

Quando disponíveis, os padrões selecionam versionStatus=LATEST_VERSION, isRevocation=false e dataUseTerms=OPEN. Estes são impressos com o resultado e podem ser substituídos explicitamente com --where. O acesso aberto a um endpoint não é uma licença geral de uso de dados; preserve a atribuição da fonte e os termos aplicáveis do Pathoplexus.

Fluxo de trabalho

cd skills/pathogen-variant-surveillance/scripts

1. Inspecione a instância e escolha a data de coleta, o sistema de linhagem, a geografia, o hospedeiro e as regras de inclusão de dados. Os campos de país diferem: SARS-CoV-2/GenSpectrum usam country; Pathoplexus usa geoLocCountry. Inspecione as categorias reais antes de escolher um valor.
2. Revise os atrasos de relatório antes de escolher a janela de prevalência.
3. Descubra rótulos comuns nessa janela e, em seguida, verifique os nomes na nomenclatura relevante.
4. Relate contagens, denominadores, intervalos, versão do snapshot, datas e exclusões juntas.

Descrever o atraso de relatório observado

python3 reporting_lag.py --where country=USA --cohorts 6 --skip-months 3

Isso agrupa por datas de coleta e de envio/liberação, calcula a diferença de cada data e relata mean_observed, min_observed, max_observed e a contagem de coortes contribuintes. Exclui datas ausentes, limites de intervalo de data de coleta desiguais, lags negativos e envios após --until. Longos deslocamentos usam apenas coortes antigas o suficiente para contribuir com esse acompanhamento.

O resultado é uma CDF condicional a registros visíveis agora. Não pode estabelecer a completude eventual, uma data confiável ou quando um registro apareceu pela primeira vez no LAPIS. --until define uma âncora de análise; não recupera um snapshot anterior do banco de dados. As coortes recebem peso igual, não peso proporcional à contagem de sequências. O conjunto de coortes contribuintes pode variar por deslocamento.

Descobrir e descrever proporções semanais

python3 lineage_prevalence.py --top 5 --where country=USA --weeks 12

A descoberta classifica rótulos exatos não vazios; unassigned permanece uma categoria real. O denominador inclui todos os registros selecionados, incluindo chamadas de linhagem não atribuídas/nulas. Consultas descendentes sobrepostas não devem ser somadas. Exemplos explícitos de linhagem abaixo ilustram a sintaxe, não a dominância atual:

python3 lineage_prevalence.py "XFG*" --where country=USA --weeks 16 --growth --lag-days 90

Aqui 90 é um horizonte de exclusão ilustrativo selecionado pelo usuário, não um lag medido universal:

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