RDKit Cheminformatics Toolkit

Visão Geral

RDKit é uma biblioteca abrangente de quimioinformática que fornece APIs Python para análise e manipulação molecular. Esta habilidade oferece orientação para leitura/escrita de estruturas moleculares, cálculo de descritores, fingerprinting, busca de subestruturas, reações químicas, geração de coordenadas 2D/3D e visualização molecular. Use esta habilidade para descoberta de drogas, química computacional e tarefas de pesquisa em quimioinformática.

Linha de base estável testada (revisada em 01/10/2026): RDKit 2026.03.6, distribuído como rdkit==2026.3.6 no PyPI; esta é a versão estável atual do GitHub/PyPI. A documentação oficial de instalação continua recomendando o conda-forge para a maioria dos usuários, enquanto os wheels multiplataforma do PyPI são publicados sob o nome do pacote rdkit. rdkit-pypi é o nome antigo do pacote PyPI e só deve aparecer ao manter ambientes legados.

Instalação e Configuração

Use uv ao instalar em um ambiente Python existente:

uv pip install "rdkit==2026.3.6"

Para ambientes de química reproduzíveis, especialmente ao misturar pacotes científicos compilados, o conda-forge continua sendo a recomendação upstream:

conda create -c conda-forge -n my-rdkit-env rdkit
conda activate my-rdkit-env

Evite instalar o conda rdkit e o PyPI rdkit/rdkit-pypi no mesmo ambiente, a menos que você esteja depurando deliberadamente o comportamento de empacotamento. Instalações mistas podem tornar incerto qual extensão binária está sendo importada.

Capacidades Principais

Doze áreas de capacidade, cada uma com código funcional, são documentadas em references/core_capabilities.md:

Fluxos de trabalho funcionais e notas sobre desempenho, thread-safety e sensibilidade à versão estão em references/workflows_and_best_practices.md.

Prefira formatos de intercâmbio portáteis (SMILES, SDF) para dados compartilhados; para caches locais, a representação molecular binária do RDKit evita o pickle genérico.

Preserve o significado químico

SMILES isomérico canônico registra um grafo molecular sob uma versão específica do RDKit. Ele não mescla tautômeros, escolhe um estado de protonação dependente de pH, remove sais ou resolve estéreo não especificado. Preserve a estrutura original e o ID de origem antes de qualquer política de padronização explícita. Similaridade 1.0 não é um teste de identidade: fingerprints colidem e a busca agrupada ignora quiralidade, a menos que --chirality seja selecionado. Veja o exemplo de identidade/padronização testado em references/workflows_and_best_practices.md.

Os auxiliares retêm IDs de origem baseados em um através da filtragem de registros inválidos, rejeitam moléculas vazias e não realizam stripping de sal implícito ou neutralização. Arquivos SMILES não têm cabeçalho; RDKit analisa uma estrutura SMILES/CXSMILES seguida por um nome opcional. Saídas de texto retêm grupos estéreo aprimorados como CXSMILES;

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