Conversão NWB Validada

Streams Suportados

O fluxo de trabalho executável abrange dois streams de entrada explícitos em uma sessão:

Outros leitores de aquisição exigem seus próprios testes específicos de formato. Em particular, este helper não decodifica SpikeGLX, Open Ephys, TIFF multicanal, TIFF volumétrico, vídeo compactado ou calibração pixel-para-mundo. Não renomeie uma tabela numérica arbitrária para um stream suportado.

Instale o ambiente testado

uv venv --python 3.12 nwb-env
uv pip install --python nwb-env/bin/python 'neuroconv[tiff]==0.10.2' pynwb==4.2.0 \
  nwbinspector==0.7.2 roiextractors==0.10.0 tifffile==2026.9.20 \
  zarr==2.18.7 hdmf-zarr==0.11.3

Mantenha ambos os pinos Zarr mesmo para uma conversão apenas HDF5: NeuroConv 0.10.2 importa seus módulos de configuração de backend na inicialização, e a instalação testada e não restrita do Zarr 3.4.0 falhou em zarr.codec_registry. O ambiente fixado executou a conversão real, a validação PyNWB e o Inspector com sucesso no macOS ARM64. O resolvedor de dependências fornece suporte a NumPy e HDF5. Estes são pinos de compatibilidade, não afirmações de que Zarr 2 e hdmf-zarr 0.11.3 são os lançamentos mais recentes. As verificações de interface atuais e a exceção de dependência testada estão registradas em references/upstream-review.md.

Fluxo de Trabalho

1. Inventarie as entradas reais e os metadados de aquisição. Identifique o plano/canal da imagem, configurações ópticas, identificadores de sujeito/sessão, fuso horário, sistema de coordenadas de comportamento, unidades e o relógio de carimbo de data/hora para cada stream. Preserve os originais. Não substitua metadados ausentes por padrões plausíveis de uma configuração de exemplo.
2. Copie assets/session-template.json ao lado dos dados brutos e substitua os valores explicitamente sintéticos. Os caminhos são resolvidos a partir desse arquivo JSON. Leia references/input-contract.md para o contrato exato de CSV e metadados e a variante de pulso-par. Os pixels TIFF são retidos como adquiridos; uma intensidade bruta de unidade arbitrária não se torna uma contagem de fótons apenas mudando seu rótulo de unidade.
3. Estabeleça a base de tempo comum a partir de evidências de aquisição. Os carimbos de data/hora dos quadros já devem ser segundos do relógio de referência desde o início da sessão ciente do fuso horário. Para posição, forneça um relógio compartilhado documentado ou pulsos de sincronização correspondentes. O helper ajusta uma transformação de relógio afim, verifica seu resíduo contra uma tolerância especificada e recusa extrapolação além do intervalo de pulsos. Ele nunca estima a sincronização a partir de sinais neurais/comportamentais de aparência coincidente. Reinícios de relógio ou deriva não linear exigem um mapeamento por partes explicitamente validado.
4. Execute o conversor. As entradas devem ter carimbos de data/hora finitos, estritamente crescentes e contagens de imagem/carimbo de data/hora correspondentes. Declare explicitamente um canal e um plano; metadados conhecidos de canal/plano TIFF devem concordar. Páginas em tons de cinza sozinhas não podem excluir interleaving não documentado. As amostras de aquisição permanecem intactas; apenas as unidades de coordenadas e, quando evidenciado, os carimbos de data/hora de comportamento são transformados.
5. Leia o .validation.json ao lado do arquivo NWB. Conformidade de esquema, descobertas do Inspector e igualdade de dados respondem a perguntas diferentes. O script sai com um erro para falhas de esquema e sinaliza descobertas críticas do Inspector para revisão no relatório. Revise todas as descobertas em contexto; validação bem-sucedida não pode estabelecer que os rótulos anatômicos, pareamento de pulsos ou calibração fornecidos pelo usuário estão corretos.
6. Entregue o NWB, o JSON de validação, a configuração de conversão original e uma explicação de quaisquer lacunas de metadados restantes ou descobertas do Inspector. Nenhum upload ou envio de arquivo está incluído neste fluxo de trabalho.

Executar

Execute o seguinte a partir do diretório da skill, com os caminhos para os arquivos de análise reais:

nwb-env/bin/python scripts/convert_session.py /path/to/session.json --output /path/to/session.nwb

nwb-env deve apontar para o ambiente criado acima; os caminhos de entrada de exemplo absolutos são

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