Integração OMERO

Use a documentação atual do OME e o menor escopo de dados explícito. Dados do OMERO podem conter imagens não publicadas, identificadores, anotações, arquivos originais e medições derivadas.

Linha de Base Verificada

Esta habilidade foi atualizada em 2026-09-30:

• OMERO.server 5.6.18 (Maio de 2026) é o servidor estável documentado atual.
• Foi testado pela OME com OMERO.py/omero-py 5.22.1 e OMERO.web 5.31.0.
• omero-py==5.22.1 requer Python 3.10 ou mais recente. A matriz de suporte do OMERO suporta 3.10 e 3.11, recomenda 3.12 e ainda classifica 3.13/3.14 como “próximos”.
• OMERO 5.6 usa IcePy 3.6, com rodas de cliente pré-compiladas 3.6.5 documentadas para versões Python até 3.12.

Últimas versões do cliente: OMERO.py 5.23.0 (2026-07-30) e OMERO.web 5.33.2 são mais recentes que o par testado no histórico do servidor. Os auxiliares empacotados foram verificados localmente com OMERO.py 5.22.1 e 5.23.0, IcePy 3.6.5 e Python 3.12; isso não se conectou a um servidor OMERO. Snippets remotos nesta habilidade e suas referências são ilustrativos, verificados contra documentação/fonte oficial e requerem adaptação a um servidor autorizado e seus IDs de objeto.

O "pin" acima é um snapshot reproduzível da habilidade, não uma promessa de que cada release do OMERO.server aceita esse cliente. Para outra versão do servidor, consulte sua entrada de release e use a versão do OMERO.py testada com ela. Veja references/sources.md.

Contrato Operacional

1. Comece com validação local ou um teste sem conexão. Não se conecte até que o usuário tenha selecionado o host, grupo, tipo de objeto, IDs e limite de resultado.
2. Leia as credenciais apenas das variáveis OMERO_* nomeadas no frontmatter. Nunca procure em diretórios pais ou carregue arquivos .env.
3. Nunca coloque uma senha ou chave de sessão em argumentos de comando, código-fonte, JSON de saída, logs, tracebacks ou chat. Uma chave de sessão é uma credencial de portador.
4. Use secure=True como padrão. O OMERO criptografa o login por padrão, mas dados pós-login e o ID da sessão podem viajar sem criptografia. secure=True não garante por si só a verificação do nome do host do certificado.
5. Limite cada lista, página, ROI, forma, anotação, linha de tabela, plano de pixels e scan de arquivo local. Não transforme uma solicitação de objeto em uma exportação de grupo inteiro ou entre grupos sem aprovação explícita.
6. Trate todas as escritas separadamente: criação de anotação/link, salvamentos de renderização-padrão, criação de imagem, importações, uploads de script, escritas de tabela, alterações de propriedade ou grupo e exclusão requerem um alvo exato revisado.
7. Feche BlitzGateway, handles de tabela, armazenamentos brutos, armazenamentos de miniatura, motores de renderização, clientes de script e outros serviços com estado em blocos finally ou padrões de gerenciador de contexto documentados.
8. Nunca se conecte a um servidor real apenas para "testar" exemplos.

Escolha a Interface

• BlitzGateway (omero-py): cliente Python principal para travessia de objetos, pixels, anotações, ROIs, renderização e serviços.
• OMERO CLI: sessões, scan/importação, exportação OME-TIFF ou XML, scripts e plugins administrativos. A maioria dos comandos do cliente são remotos; a importação também precisa das bibliotecas Java correspondentes no lado do servidor através de OMERODIR.
• OMERO.web api e webgateway: os únicos aplicativos OMERO.web que a documentação oficial chama de APIs públicas estáveis. A API JSON documentada é descoberta por versão e tem cobertura limitada de objetos; não é evidência de que cada URL do webclient seja um endpoint REST suportado.
• Scripts OMERO.server: plugins carregados executados pela infraestrutura do servidor. Eles são diferentes dos auxiliares de cliente locais empacotados em scripts/.

Instale um Cliente Reproduzível

Crie um ambiente Python 3.12:

uv venv --python 3.12 .venv
source .venv/bin/activate

Instale a roda IcePy 3.6.5 exata que corresponde ao interpretador, SO, arquitetura e tags da roda, e depois OMERO.py:

# Download the matching 3.6.5 wheel from the official OMERO-linked matrix.
uv pip install "/absolute/path/to/zeroc_ice-3.6.5-<matching-tags>.whl"
uv pip install "omero-py==5.22.1"

Não substitua o Ice 3.7: a matriz de suporte do OMERO 5.6 marca o Ice 3.6 como recomendado e o 3.7 como não suportado. Uma instalação simples pode tentar compilar o IcePy a partir da fonte; prefira uma roda correspondente revisada. O pacote upstream é GPL-2.0-ou-posterior; os arquivos desta habilidade são MIT.

Apenas para comandos de importação/administração, OMERODIR deve apontar para um diretório OMERO.server extraído compatível. Um cliente BlitzGateway remoto normal não requer

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